O nome Paraty é de origem tupi, que segundo o tupinólogo Eduardo Navarro, advém de parat(i)+y, que significaria “rio dos paratis”, sendo parati o nome para uma espécie de peixe. A região antes da colonização era habitada por indígenas do povo Tamoio, posteriormente aquelas terras passaram a serem ocupadas pelos Goianas e Tupinambás. Quando a colonização teve início, aquele território pertencia a então Capitania de São Vicente.